يُعد الهيكل التنظيمي خارطة الطريق لاكتمال البنية الأساسية لمركز الدراسات السكانية. وقد تم إعداد الهيكل التنظيمي للمركز، ليتوافق مع تطلعات جامعة الملك سعود بإنشاء مركز متخصص ومتميز على المستوى الوطني والخليجي، يهتم بدراسة وتحليل الموضوعات السكانية والتنموية، ويرصد التغيرات والتطورات التي تحدث في المجتمع السعودي والخليجي. وقد تمت صياغة الهيكل التنظيمي بعد الزيارات الميدانية والاستطلاعية لفريق المركز إلى خمسة مراكز عالمية مميزة في الولايات المتحدة الأمريكية، والتعرف على أقسامها الإدارية، ووحداتها العلمية والأكاديمية والتدريبية، ونشاطاتها البحثية، وهياكلها التنظيمية. ولم تقتصر عملية الإعداد على مجرد استنساخ تجارب تلك المراكز ، بل تمت الاستفادة من الهياكل التنظيمية للعديد من المراكز المماثلة داخل الجامعة وخارجها، كما أجريت عمليات تعديل وتحسين على تلك الهياكل ليخرج الهيكل المقترح متلائماً مع دور المركز الحالي وأهدافه، والتوجهات المستقبلية لنشاطاته، والإمكانات المادية واللوجستية المتوفرة. 
وقد تضمن الهيكل التنظيمي توصيفاً للمجالس والوحدات البحثية والتدريبية والأكاديمية والإدارية ومهامها الرئيسة، حيث يقع مجلس إدارة المركز في قمة هيكله التنظيمي. ويرتبط بمجلس الإدارة المشرف على المركز. ويرتبط بالمشرف على المركز – بشكل مباشر – المجلس التنفيذي، والهيئة الاستشارية، ووحدة  العلاقات العامة والإعلام، وكذلك وكيل المركز الذي يشرف بدوره على الوحدات الخمس (وحدة المسوحات الديموغرافية، ووحدة البحوث والاستشارات، ووحدة البيانات وتقنية المعلومات، ووحدة البرامج والتدريب والتطوير والجودة، ووحدة النشر والإخراج)، كما يتبع وكيل المركز  مدير  إدارة المركز، ووحدة الشؤون المالية والإدارية. وبذلك يأتي مقترح الهيكل التنظيمي متكاملاً وملبياً للأهداف والمهام الرئيسة التي أنشئ المركز لتحقيقها حالياً، كما أنه سيلبي التطورات والتوسعات التي يمكن أن يحتاجها المركز في المستقبل.